Wilayah Desa Pakuncen Kecamatan Bobotsari Kabupaten Purbalingga terletak di sebelah utara Desa Bobotsari, adapun batas - batas desa yang bersebelahan dengan Desa Pakuncen sebagai berikut :
Utara : Desa Karangtalun, Desa Gunungkarang
Timur : Desa Banjarsari dan Desa Majapura
Selatan : Desa Bobotsari dan Desa Majapura
Barat : Desa Karangduren, Desa Gunungkarang
Luas Wilayah Desa Pakuncen : 160,005 Ha
Desa Pakuncen terletak pada posisi -7.293343, 109.367908, dengan ketinggian kurang lebih 143 M diatas permukaan laut.
Peta Desa: